Puskesmas Baqa yang berdiri sejak tahun 1970 dalam perkembangannya selalu  berperan aktif dalam pembangunan kesehatan masyarakat yang ada diwilayah kerjanya baik yang berupa upaya kesehatan wajib maupun dalam upaya kesehatan pengembangan Masyarakat.

UPT Puskesmas Baqa letaknya di Kelurahan Baqa Kecamatan Samarinda Seberang Kota Samarinda, dengan luas wilayah kerja 701,58 Ha.

Dengan batas-batas wilayah sebagai berikut:

Sebelah Utara :

Sungai Mahakam

Sebelah Selatan :

Kelurahan Harapan Baru (Puskesmas Harapan Baru)

Sebelah Barat :

Sungai Mahakam

Sebelah Timur :

Kelurahan Tenun (Puskesmas Mangkupalas) Kelurahan Harapan Baru (Puskesmas Harapan Baru)